照慣例每半年召開的兩岸經合會，已經有一年多未召開，此機制是設在海基、海協會兩會之下，在目前兩會協商大門暫時關閉的政治氣氛下，兩岸經合會似乎已無用武之地。倘若經合會的協商機制因政治因素而告終，對兩岸經貿事項的交流互動終究是個嚴重的傷害。
陸委會將ECFA的「兩岸經合會」的解釋定位，視為類似台美貿易暨投資架構協定（TIFA）的「貿易暨投資委員會」，功能上解釋為經貿事務之談判及協商的平台。「兩岸經合會」無論是個常態組織抑或協商平台，牽涉兩岸官方組織和官員對話的組織定位，作為雙邊貿易的協商機制，因應兩岸特殊情勢下的「爭端解決機制」，亦可在「世界貿易組織」（WTO）的國際仲裁機制下充分發揮。
國際之間所簽署的區域貿易或雙邊的經濟協議中，亦都設有類似經合會的機制安排，負責簽署雙方後續協商的推動、監督協議的落實及約本條文的解釋，兩岸經合會作為發揮任務性、功能性的磋商平台及聯繫機制仍屬必要。
520新政府上台之後，兩岸經貿事項議題的複雜性牽涉甚廣，新政府在決策上，不能只從單純「政治理性」的角度出發，須考量各種「社會體系」能否承受，包含平衡贊成及反對ECFA的政策社群，而不致再次產生擦槍走火的衝突事件而影響所謂的維持現狀。
兩岸經合會是由雙方經貿相關業務主管部門官員所組成，也必須接受現行法令的規範及立法院的監督，經合會實際運作上亦無產生政治矮化的現象，反而更加強化監督並評估ECFA的執行、解釋兩岸經濟協議的規定、通報重要經貿資訊等事項。是以，兩岸經合會的功能、組成及運作方式，均已明定在ECFA第11條並在立法院審議通過，部分執政黨立委在競選時揚言要重新檢討ECFA，其實在政策合法化階段要推翻ECFA已屬不易。
即便北京當局寧可在ECFA兩岸經貿的框架下，不願過分彰顯在WTO原則下凸顯兩岸互為經濟主權的事實，經合會早已歷經多年的「在商言商」的經驗，亦無暴露在「政治協商」的險境。
從推動兩岸經貿制度化與合作的角度來看，兩岸經合會畢竟在「爭端解決」及「優先協議」中仍具優勢，擁有充分的解釋權或仲裁權，在《投資保障協議》的攻防上，台灣若強化援引WTO的國際仲裁機制，對於ECFA後續談判事項是一種強而有力的保障。
但海基會與海協會的協商談判機制已暫停，迫使兩岸貨品貿易協議、爭端解決協議等後續協商難以推進，兩岸經合會的協商機制更是恢復無望，這會危害兩岸經貿制度化與進一步深化合作，兩岸主政者應該深思，兩岸經合會的平台不宜輕易廢棄。